Suponiendo que ejecuta esto desde el símbolo del sistema de DOS, debe intercambiar las comillas simples y dobles. Debe envolver toda la consulta entre comillas dobles y usar comillas simples dentro del documento JSON de esta manera:
--query "{'status':'A'}"
He probado esto con mongoexport versión 3.0.0 y 3.2.0 y funciona para ambas versiones.
