Proyecte un elemento devuelto con $arrayElemAt

Puede asignar el $arrayElemAt devolvió valor a una variable usando $let expresión y use la notación de puntos para acceder al campo del subdocumento en el in expresión.

"usr": {
    "$let": {
        "vars": { 
            "field": { 
                "$arrayElemAt": [ "$__usr", 0 ]
            }
        },
        "in": "$$field.username"
    }