Agregación de MongoDB:búsqueda doble y respuesta de búsqueda combinada al objeto respectivo

Pruebe esta consulta:

db.companies.aggregate([
    { $match: { _id: companyId } },
    { $unwind: "$professionals_customers" },
    {
        $lookup: {
            from: "companies",
            localField: "professionals_customers.company",
            foreignField: "_id",
            as: "professionals_customers.company"
        }
    },
    {
        $lookup: {
            from: "users",
            localField: "professionals_customers.contact",
            foreignField: "_id",
            as: "professionals_customers.contact"
        }
    },
    {
        $addFields: {
            "professionals_customers.company": {
                $arrayElemAt: ["$professionals_customers.company", 0]
            },
            "professionals_customers.contact": {
                $arrayElemAt: ["$professionals_customers.contact", 0]
            }
        }
    },
    {
        $group: { _id: "$_id", professionals_customers: { $push: "$professionals_customers" }, data: { $first: "$$ROOT" } }
    },
    { $addFields: { "data.professionals_customers": "$professionals_customers" } },
    { $replaceRoot: { newRoot: "$data" } }
])

Prueba: MongoDB-Playground

Nota: Si es necesario, debe convertir los campos/entradas que son del tipo cadena a IdObjeto() . Lo básico es que necesita verificar los tipos de dos campos que se comparan o las coincidencias de entrada a campo en la base de datos o no.