Actualización de elemento en matriz con ID único

Consulte los docs para actualizar una matriz. Tu código debería ser algo como:

servidor

Meteor.methods({
  'content.update.lastModified': function(contentId, peerId) {
    check(contentId, String);
    check(peerId, String);

    var selector = {_id : id, 'Peers.uniquePeer': peerId};
    var modifier = {$set: {'Peers.$.lastModified': 'Now'}};
    Content.update(selector, modifier);
  }
})

cliente

Meteor.call('content.update.lastModified', contentId, peerId);

Tenga en cuenta que este tipo de operación debe realizarse en un método definido por el servidor porque, como descubrió, solo puede actualizar documentos por ID en el cliente.