MongoDB:compruebe si el valor es nulo o si la matriz está vacía

Puede usar el $or operador de consulta con una verificación para cada condición:

{
  $or: [{
    // Check about no Company key
    Company: {
       $exists: false
    }
  }, {
    // Check for null
    Company: null
  }, {
    // Check for empty array
    Company: {
       $size: 0
    }
  }]
}