¿Puedes buscar otros modelos con métodos de instancia en Mongoose?

El problema es una importación circular (fish.js requiere user.js que requiere fish.js , etc.).

Puede solucionarlo resolviendo la clase modelo en tiempo de ejecución:

UserSchema.methods.fishes = function(callback) {
  mongoose.model('Fish').find({user: this._id}, function(err, fishes) {
    callback(err, fishes);
  });
};