MongoEngine envuelve PyMongo, que dejó de usar "guardar" en PyMongo 3.0:
http://api.mongodb.com/python/current/changelog .html#colección-cambios
Es posible que MongoEngine deba desaprobar su método de guardar, o suprimir la advertencia de desaprobación, o tal vez alguna otra solución para manejar este cambio de PyMongo. Le recomiendo que busque en el rastreador de errores de MongoEngine e informe este problema si aún no lo ha hecho.
Error de MongoEngine - https://github.com/MongoEngine/mongoengine/issues/1491
