Creo que el campo ts es en realidad un Timestamp campo, la consola simplemente intenta simplificarlo (lo que lo hace muy engañoso). Puede hacer la consulta de esta manera y debería funcionar:
db.oplog.rs.find({ ts: Timestamp(1335200998000, 540)});
Puede usar $gte y $lte normalmente:
db.oplog.rs.find({ ts: {$gte: Timestamp(1335100998000, 1)}});
db.oplog.rs.find({ ts: {$lte: Timestamp(1335900998000, 1)}});
El segundo argumento es un ordinal incremental para operaciones dentro de un segundo dado.