No debería llamar a ->close() en cada iteración. Si llama a cerrar, le dice al conductor que no reutilice una conexión persistente. Si ejecuta esto en un ciclo cerrado, entonces el sistema operativo se queda sin puertos para usar, ya que todos están en estado TIME_WAIT.
El controlador de PHP usa conexiones persistentes, y si (sin llamar a ->cerrar) ejecuta "nuevo Mongo" en un bucle cerrado como en su ejemplo, el controlador no realizar nuevas conexiones y reutilizar la ya existente.
