Cómo buscar en una matriz de matriz de objeto en mongodb

Digamos que desea buscar el awaiting estado de la colección users

db.users.find({"version.files.status":"awaiting"}).pretty()

Buscará automáticamente dentro de las matrices.

Sin embargo, la actualización es un poco diferente y debe usar arrayFilter :

db.users.updateOne(
  {
    "version.files._id": "606592b3c5d509071857f6e8",
  },
  {
    $set: {
      "version.$[version].files.$[file].url": "something else",
    },
  },
  {
    arrayFilters: [
      { "version._id": "606592b1c5d509071857f6e7" },
      { "file._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
    ],
  }
);

Asegúrate de tener un índice en tu find consulta:

Para el ejemplo anterior

db.users.createIndex({"version.files._id":1},{background:true})

Muchos más ejemplos disponibles en Mongo Doc

EDITAR

Según su comentario, aquí hay un ejemplo práctico:

db.users.findOneAndUpdate(
  { "version.files._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
  {
    $set: {
      "version.$[version].files.$[file].url": "Test URL",
      "version.$[version].files.$[file].status": "Test status",
    },
  },
  {
    returnNewDocument: true,
    arrayFilters: [
      { "version._id": "606592b1c5d509071857f6e7" },
      { "file._id": "606592b3c5d509071857f6e8" },
    ],
  }
);