Convertir fecha de milisegundos a objeto ISODate

En realidad, es posible, el truco es agregar su tiempo de milisegundos a un objeto Date() de cero milisegundos usando una sintaxis similar a:

dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}

Modifiqué su agregación desde arriba para producir el resultado:

db.events.aggregate(
    {
        $project : {
            _id : "$_id",
            dt : {$add: [new Date(0), "$time"]}
        }
    },
    { 
        $project : {
            _id : "$_id",
            date : { 
                hour : {$hour : "$dt"} 
            }
        }
    }
);

El resultado es (con una entrada de sus datos de muestra):

{
  "result": [
    {
      "_id": ObjectId("532828ac338ed9c33aa8eca7"),
      "date": {
        "hour": 11
      }
    }
  ],
  "ok": 1
}