Cómo $setDifference en matriz y objeto usando Mongo DB

Debe corregir esa segunda agregación y obtener todos los UPIDs como una matriz. Para lograrlo, puede usar $cond y basado en $type devolver una matriz o usar $objectToArray para ejecutar la conversión, intente:

db.Groups.aggregate([
    {
        $project: {
            students: {
                $cond: [ 
                    { $eq: [ { $type: "$members.regularStudent" }, "array" ] },
                    "$members.regularStudent",
                    { $map: { input: { "$objectToArray": "$members.regularStudent" }, as: "x", in: "$$x.v" } }
                ]
            }
        }
    },
    {
        $unwind: "$students"
    },
    {
        $group: {
            _id: null,
            UPIDs: { $addToSet: "$students" }
        }
    },
    {
        $project: {
            members: {
                $setDifference: [ userProductUPIDs , "$UPIDs" ]
            },
            _id : 0
        }
    }
])