Tuve el mismo problema... Lo arreglé usando el tiempo de época...
Puede consultar aquí http://www.epochconverter.com/
Estaba usando java... así que usé
Fecha x =nueva Fecha (año, mes, día)
y obtuve la época usando x.getTime() y la envié a mongoexport
entonces tu declaración de exportación de mongo sería
mongoexport -d proyecto -c coll --csv -o resultado -f fuente -q '{"fecha":{$gte:(Fecha(1295913600)),$lt:(Fecha(1298678400)}}'
