Puede intentar actualizar con canalización de agregación a partir de MongoDB 4.2,
$mappara iterar el ciclo delistIDsmatriz$concatpara concatenar0000con valor de elemento
db.collection.updateMany({},
[{
$set: {
listIDs: {
$map: {
input: "$listIDs",
in: { $concat: ["0000", "$$this"] }
}
}
}
}]
)