Copie ambas colecciones en una sola colección (incluya un campo discriminador si es necesario para que pueda saber qué tipo de documento tiene en cada caso).
Ejecute map-reduce en esa colección
En Mapa, emita la palabra como clave y un valor, diga {instance:1, dict:0}
o {instance:0, dict:1}
dependiendo de si el documento que se está mapeando es una instancia o una entrada de diccionario. (Puede agregar más campos aquí en los valores según sea necesario).
En Reducir, acumula las puntuaciones (como de costumbre).
Ahora haz una consulta buscando instance > 0
y dict > 0
y tienes todas las palabras que están en ambos.