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Intersección del índice MongoDB

Bueno, en realidad lo hace, aunque no lo hace en este caso. Para ver realmente lo que está sucediendo, debe mirar la forma "detallada" de explicación, agregando true :

db.t.find({item:"abc123",qty:{$gt:15}}).explain(true)
{
    "cursor" : "BtreeCursor item_1",
    "isMultiKey" : false,
    "n" : 84,
    "nscannedObjects" : 100,
    "nscanned" : 100,
    "nscannedObjectsAllPlans" : 201,
    "nscannedAllPlans" : 304,
    "scanAndOrder" : false,
    "indexOnly" : false,
    "nYields" : 2,
    "nChunkSkips" : 0,
    "millis" : 2,
    "indexBounds" : {
            "item" : [
                    [
                            "abc123",
                            "abc123"
                    ]
            ]
    },
    "allPlans" : [
            {
                    "cursor" : "BtreeCursor item_1",
                    "isMultiKey" : false,
                    "n" : 84,
                    "nscannedObjects" : 100,
                    "nscanned" : 100,
                    "scanAndOrder" : false,
                    "indexOnly" : false,
                    "nChunkSkips" : 0,
                    "indexBounds" : {
                            "item" : [
                                    [
                                            "abc123",
                                            "abc123"
                                    ]
                            ]
                    }
            },
            {
                    "cursor" : "BtreeCursor qty_1",
                    "isMultiKey" : false,
                    "n" : 0,
                    "nscannedObjects" : 101,
                    "nscanned" : 102,
                    "scanAndOrder" : false,
                    "indexOnly" : false,
                    "nChunkSkips" : 0,
                    "indexBounds" : {
                            "qty" : [
                                    [
                                            15,
                                            Infinity
                                    ]
                            ]
                    }
            },
            {
                    "cursor" : "Complex Plan",
                    "n" : 0,
                    "nscannedObjects" : 0,
                    "nscanned" : 102,
                    "nChunkSkips" : 0
            }
    ],

Acorta, pero la última parte es lo que estás buscando. Como se explica en el manual, la aparición de "Plan complejo" significa que se está utilizando una intersección.

            {
                    "cursor" : "Complex Plan",
                    "n" : 0,
                    "nscannedObjects" : 0,
                    "nscanned" : 102,
                    "nChunkSkips" : 0
            }

El único caso aquí es que mientras se "mira" no está siendo elegido por el optimizador en este caso como la consulta más "óptima". Entonces, el optimizador dice que, de hecho, el plan que usa solo el índice seleccionado es el que se completará de la manera más receptiva.

Entonces, aunque se consideró la "intersección", no era el "mejor ajuste" y se eligió el índice único.