cambiar documento clave mongodb agregado

Para crear un objeto anidado con clave dinámica, debe usar $ arrayToObject que toma una matriz de claves (k ) y values (v ) como parámetro. Luego puede usar $replaceRoot para promover ese nuevo objeto a un nivel raíz. Necesita MongoDB 4.0 para convertir ObjectId a string usando $toString operador

db.col.aggregate([
    {
        $replaceRoot: {
            newRoot: {
                $arrayToObject: {
                    $let: {
                        vars: { data: [ { k: { $toString: "$_id" }, v: "$serie" } ] },
                        in: "$$data"
                    }
                }
            }
        }
    }
])

Salidas:

{
    "5b97f6cea37f8c96db70fea9" : {
            "_id" : ObjectId("5a55f988b6c9dd15b47faa2a"),
            "updatedAt" : ISODate("2018-02-09T13:22:54.521Z"),
            "createdAt" : ISODate("2018-01-10T11:31:20.978Z"),
            "deletar" : false,
            "infantil" : false,
            "status" : true,
            "turma" : [ ]
    }
}

Si desea deshacerse de _id en su resultado puede especificar campos explícitamente en v como:

v: { updatedAt: "$serie.updatedAt", createdAt: "$serie.createdAt", ... }