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$ agregar con algunos campos como Nulo que devuelve el valor de la suma como Nulo

Puede hacer dos proyecciones, la primera usando $ifNull que es similar a nvl:

db.students.aggregate([
  { $project: { final: 1, midterm: 1, extraMarks: { $ifNull: [ "$extraMarks", 0 ] } } }, 
  { $project: { examTotal: { $add: [ "$final", "$midterm","$extraMarks" ] } } } 
])