intenta usar mongodump o mongoexport . https://docs.mongodb.org/manual/core/backups/
mongoexport proporciona una forma eficiente de exportar datos de la colección (mediante consulta si lo desea)
mongodump realiza un volcado completo de la base de datos (copia de seguridad) para que pueda restaurarla fácilmente en cualquier lugar, con las mismas identificaciones, referencias e índices. Todas tus cosas
Puede usar node.js child_process.exec para ejecutar mongodump/mongoexport. Puedes usar linux crontab para programar copias de seguridad. Tantas formas de organizar esto con las herramientas adecuadas
