Veo lo que quiere decir acerca de los métodos, pero creo que el problema con el intento de db.command es que está tratando de ejecutar un asistente de shell como un comando en lugar del comando en sí. El comando actual tiene este formato:
// get current levels
db.runCommand({ profile : -1 })
// set the level to log slow ops
db.runCommand({ profile : 1 })
// set to log slow ops and change the threshold to 200ms
db.runCommand({ profile : 1, slowms : 200 })
//revert to defaults
db.runCommand({ profile : 0, slowms : 100 })
Entonces, si intenta pasar el valor relevante a db.command, eso debería funcionar.
