Puede usar la notación de puntos en sus claves de consulta para hacer esto, usando $exists
operador para comprobar la existencia:
db.test.find({'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}})
Para encontrar todos los documentos que contienen esos archivos y eliminarlos:
db.test.update(
{'files.IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}},
{'$pull': {'files': {'IyzkmGh4YGD61Tc3TJjaEY17hDldH': {'$exists': 1}}}},
multi=True)