Nuevamente, no sé cómo funcionará su HashMultiMap, pero en MongoDB básicamente almacena objetos en JSON (JSON binario mejorado, técnicamente hablando).
Entonces su documento podría verse así:
{
key1: [value1, value2, value3, ...],
key2: [value1, value2, value3, ...],
...
}
Si eso va a funcionar para ti, genial.