Si inicia mongod como usuario xxx entonces todos los directorios y archivos que necesita usar deben ser propiedad del usuario xxx - en su caso, veo varios archivos propiedad de root entonces mongod no puede manipular esos archivos.
Corrija los permisos y asegúrese de nunca ejecutar mongod como root de nuevo. Además, cuando recibe un error de mongod buscar en el archivo de registro le dirá exactamente qué causó un error. (En todos los casos excepto cuando el usuario mongod no puede escribir en el archivo se está ejecutando como).
