Agregación Mongodb con 2 colecciones.

Dependiendo de cuáles sean las necesidades de su sistema, creo que el diseño del modelo podría simplificarse creando solo una colección que fusione todos los atributos en collection1 y collection2 . Como ejemplo:

var mongoose = require('mongoose');
var Schema = mongoose.Schema;

var accountSchema = new Schema({
    moneyPaid:{
        type: Number
    },
    isBook: {
       type: Boolean,
    }
}, {collection: 'account'});

var Account = mongoose.model('Account', accountSchema);

en el que luego puede ejecutar la canalización de agregación

var pipeline = [
    { 
        "$match": { "isBook" : true }
    },
    { 
        "$group": {
            "_id": null,
            "total": { "$sum": "$moneyPaid"}
        }
    }
];

Account.aggregate(pipeline, function(err, results) {
    if (err) throw err;
    console.log(JSON.stringify(results, undefined, 4));
});

Sin embargo, con el diseño del esquema actual, primero tendría que obtener los ID para la colección 1 que tienen el valor verdadero de isBook en collection2 y luego use esa lista de ID como $match consulta en la collection1 agregación de modelos, algo como lo siguiente:

collection2Model.find({"isBook": true}).lean().exec(function (err, objs){
    var ids = objs.map(function (o) { return o.coll_id; }),
        pipeline = [
            { 
                "$match": { "_id" : { "$in": ids } }
            },
            { 
                "$group": {
                    "_id": null,
                    "total": { "$sum": "$moneyPaid"}
                }
            }
        ];

    collection1Model.aggregate(pipeline, function(err, results) {
        if (err) throw err;
        console.log(JSON.stringify(results, undefined, 4));
    });
});