La opción 'notablescan', como mencionó @ghik, evitará que ejecute consultas lentas debido a que no usa un índice. Sin embargo, esa opción es global para el servidor y no es adecuada para su uso en un entorno de producción. Tampoco lo protegerá de ninguna otra fuente de consultas lentas además de los análisis de tablas.
Desafortunadamente, no creo que haya una manera de hacer directamente lo que quieres en este momento. Hay un ticket de JIRA que propone agregar un parámetro de consulta $maxTime o $maxScan, que parece que lo ayudaría, así que vote por él:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-2212 .
