Debería intentar envolver el valor $set entre comillas como se muestra a continuación:
"versions.0.content.axdducvoxb":parseFloat(data.versions.0.content.axdducvoxb)
Resultado final:
db.documents.find().forEach(function(data) {
db.documents.update({_id:data._id},{$set:"versions.0.content.axdducvoxb":parseFloat(data.versions.0.content.axdducvoxb)}});
})
Cada vez que use esta notación de puntos, debe encerrar la clave entre comillas como se menciona en la documentación (énfasis añadido):
