Editar:Para su información:después de buscar durante dos días seguidos sin encontrar una respuesta, creé un ticket para un posible error en Mongoose.js Github y confirmaron mi problema. Según ellos está arreglado en la nueva versión candidata 4.0.0 , que no se recomienda para uso productivo. En realidad resolvió mi problema, pero el rc1 hizo aún más problemas.
Mi solución hasta ahora:
Finalmente, este error me molestó tanto que cambié toda la acumulación de esa tabla para que _id no tiene un from_node_id separado campo. Uso el from_node_id ahora como ID directamente.
