Cómo agregar las notas de todas las asignaturas en mongoDB

Puede utilizar la siguiente agregación:

db.col.aggregate([
    {
        $unwind: "$marks"
    },
    {
        $project: {
            _id: 1,
            name: 1,
            marks: {
                $objectToArray: "$marks"
            }
        }
    },
    {
        $project: {
            _id :1,
            name: 1,
            total_marks: {
                $reduce: {
                    input: "$marks",
                    initialValue: 0,
                    in: { $add : ["$$value", "$$this.v"] }
                }
            }
        }
    },
    {
        $group: {
            _id: "$_id",
            name: { $first: "$name" },
            total_marks: { $sum: "$total_marks" }
        }
    }
])

Dado que sus marcas se almacenan como un objeto, debe usar $objectToArray para obtener una variedad de temas. Luego puede usar $reduce para sumar todas las materias de un estudiante.