Actualizar un campo indexado en mongodb provoca una actualización del índice (o índices si tiene más de uno) que lo usa. No "reindexa". No debería ser tan costoso:efectivamente, eliminará la entrada anterior e insertará una nueva.
Este documento tiene una buena cantidad de detalles sobre los índices de mongodb:
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
Por cierto, tenga en cuenta que hay un campo especial, _id, que mongodb usa como clave principal
No puede actualizar el campo _id.
