Esto no es compatible con la versión actual (v2.0) de mongoimport, pero debería estar disponible pronto. Puede consultar el ticket de JIRA aquí, programado para v2.1:
Hasta entonces, si puede traducir sus datos CSV a JSON, entonces podría usar mongoimport --type json para importar los datos anidados.
EDITAR: Esta característica se lanzó ahora y está disponible desde 2.8.0-rc0
