En primer lugar, creo que puede cambiar a esto (eliminar el requerimiento adicional de http y configurar io para escuchar el servidor):
// Init App
var app = express();
var server = require("http").Server(app);
var io = require("socket.io").listen(server);
Si su lado del cliente se ejecuta en un puerto diferente al de su servidor, creo que también debería cambiar su importación. De lo contrario, esa pieza podría estar bien. No creo que necesites .connect en io en var socket =io.connect(); El mío funciona sin él, de todos modos.
<script src='http://localhost:3000/socket.io/socket.io.js'></script>
