Eliminar un objeto de una matriz anidada con $pull y $[identificador] (mongoDB 3.6)

Prueba positional all $[] variante.

Algo como

db.runCommand({
  update: "survey",
  updates: [
    {
      q: {},
      u: {
        $pull: {
          "results.$[].items.$[].comments": { "id":  "123456" }
        }
      }
    }
  ]
})