Tendrás que usar Spring Data MongoTemplate - el MongoRepository las interfaces están hechas solo para la funcionalidad básica y para un control más detallado de lo que está consultando, es mejor usar MongoTemplate .
Aquí hay un ejemplo de cómo uno obtendría valores distintos de una colección:
Criteria criteria = new Criteria();
criteria.where("dataset").is("d1");
Query query = new Query();
query.addCriteria(criteria);
List list = mongoTemplate.getCollection("collectionName")
.distinct("source",query.getQueryObject());
Aquí está el enlace para obtener más información:mongodb mongoTemplate obtiene un campo distinto con algunos criterios
