Depende del tipo de actualizaciones que estés haciendo. Si estas actualizaciones hacen crecer su documento (empuje de matriz o similar), entonces sí, tendrá algo de fragmentación. Las actualizaciones en el lugar ($inc) no hacen que el documento se mueva (sin fragmentación).
Por cierto, no se trata de fragmentación per se, sino de espacio desperdiciado. Es decir, si el documento se mueve a una nueva ubicación, su ubicación anterior no se reutilizará.
