Intercambiar los valores en una matriz MongoDB

Puede intercambiar utilizando el índice de matriz. Primero encuéntralo y cámbialo.

db.myCollection.find().forEach(function(doc){
        db.myCollection.update({_id: doc._id},
          {$set: {"geo.0": doc.geo[1], "geo.1": doc.geo[0]}})
    })