Puede ejecutar varios procesos mongod en la misma máquina en diferentes puertos y apuntar a diferentes directorios de datos y hacerlos parte del mismo conjunto de réplicas.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Starting +y+Deteniendo+Mongo
mongod --dbpath c:/datos1 --puerto 12345 --replSet foo
mongod --dbpath c:/data2 --port 12346 --replSet foo
y luego conéctese a uno de los procesos mongod usando la consola mongo y agregue iniciar el conjunto de réplicas usando las instrucciones descritas aquí:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Replica+ Conjuntos+-+Básicos
