¿Has intentado hacer tu consulta después se abre la conexión a la base de datos? No tengo un servidor Mongoose para probarlo, pero esa sería mi primera suposición.
var Stuff = mongoose.model('Stuff', StuffSchema);
db.once('open', function () {
Stuff.find({}, function (e, body) {
console.log('It worked!');
});
});
Lo siento, si esto no termina solucionándolo.