MongoDB actualmente no admite particiones, hay un ticket de JIRA para agregar esto como una característica (SERVER -2097 ).
Una solución es aprovechar múltiples recopilaciones basadas en el tiempo, recopilaciones cíclicas de forma similar a como lo haría con las particiones. Por lo general, haríamos esto cuando generalmente solo consultaría una o algunas de estas colecciones basadas en el tiempo. Si a menudo necesita leer varias colecciones, puede agregar un código contenedor para simplificar eso.
También hay Índices TTL , que aprovechan un subproceso en segundo plano en el servidor mongod para manejar las eliminaciones por usted.
Tus eliminaciones por _id pueden haber sido lentas por varias razones y probablemente requieran más investigación más allá de tu pregunta original.