mongoose geojson en el esquema, no se puede extraer el error de claves geográficas

Creo que necesitas actualizar GeoJSON.Point a un subdocumento con un esquema adecuado:

GeoJSON.Point = new mongoose.Schema({
  'type'     : { type: String, default: "Point" },
  coordinates: [ { type: "Number" } ]
});

Combinado con minimize opción, que está habilitada de forma predeterminada, esto hará que Mongoose solo guarde la location propiedad si está realmente configurada.