Bueno, descubrí cuál era el problema. Me siento como un idiota, pero aquí está. Tenía el esquema de la Carta y el Mazo definidos en el mismo archivo ya que estaban relacionados y tenía sentido. Al final del archivo, tenía lo siguiente:
module.exports = mongoose.model('Card', CardSchema);
module.exports = mongoose.model('Deck', DeckSchema);
Lo que significaba que el esquema de mi Tarjeta nunca estaba expuesto porque no estaba pensando cuando exportaba los modelos. Moví el esquema de Deck a un archivo separado y ahora todo funciona.
Estúpido error, pero ahora lo sé. Y saber es la mitad de la batalla.