Al usar map/reduce, siempre terminará con
{ "value" : { <reduced data> } }
Para eliminar el value
clave tendrá que usar un finalize
función.
Esto es lo más simple que puede hacer para copiar datos de una colección a otra:
map = function() { emit(this._id, this ); }
reduce = function(key, values) { return values[0]; }
finalize = function(key, value) { db.collection_2.insert(value); }
Luego, cuando correría normalmente:
db.collection_1.mapReduce(map, reduce, { finalize: finalize });