mongodb obtiene el documento completo a partir de un valor

Cuando llamas a bots.findOne({data}) devuelve una "Promesa", no los datos. Debe esperar a que se resuelva Promise para obtener los datos. Puedes probar este código.

   socket.on("bot_req_id", async function(data) {
       let db = mongoose.db("wumpusCave")
       let bots = db.collection("bots")
           console.log(data)
           let bot = await bots.findOne({data})
           console.log(bot);
           socket.emit("bot_res_id", bot)
   })

Este artículo puede ayudarlo a comprender el concepto:https://scotch.io/courses/10-need-to-know-javascript-concepts/callbacks-promises-and-async