Las operaciones de consulta estándar no comparan los valores de un campo con otro. Para hacer esto, debe emplear el lado del servidor de evaluación de JavaScript que realmente puede comparar los dos valores de campo:
Suponiendo que ambos campos son instancias de ISODate
BasicQuery query = new BasicQuery(
new BasicDBObject("$where", "this.creationTime.getTime() != this.lastModified.getTime()")
);