¿Cómo convertir la estructura del objeto JSON a notación de puntos?

Esto debería ser lo suficientemente flexible para la mayoría de las necesidades:

function dotNotate(obj,target,prefix) {
  target = target || {},
  prefix = prefix || "";

  Object.keys(obj).forEach(function(key) {
    if ( typeof(obj[key]) === "object" && obj[key] !== null ) {
      dotNotate(obj[key],target,prefix + key + ".");
    } else {
      return target[prefix + key] = obj[key];
    }
  });

  return target;
}

Ejecutar en su excludesFields variable así:

dotNotate(excludeFields);

Devuelve la estructura actual:

{ "Contact.Address" : 0, "Contact.Phone" : 0 }

Así que incluso puedes hacer, en línea:

things.findOne({}, {fields: dotNotate(excludeFields) })

O proporcione como proyección:

var projection = { "fields": {} };
dotNotate(excludeFields,projection.fields);
things.findOne({}, projection);

Funciona bien en todas las profundidades e incluso con arreglos de manera esencial, a menos que necesite operadores como $push .