¿Cómo indexar múltiples campos de datos únicos en un solo documento en Mongoose?

Mongoose no tiene una validación integrada para campos únicos. Recomiendo el paquete (con esto puede usar el validador único en los campos de correo electrónico y nombre de usuario):mongoose-unique-validator. Extiende tu código con:

let uniqueValidator = require('mongoose-unique-validator');

email: {
  type: String,
  required: true,
  trim: true,
  unique: true,
  index: true
},
  username: {
  type: String,
  required: false,
  trim: true,
  unique: true,
  index: true
}

UserSchema.plugin(uniqueValidator, {message: 'is already taken.'});