No estoy seguro de si lo quiere usando scripts de MongoDB o el idioma de su aplicación (Nodejs si me equivoco)
Así es como funciona en Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Si esto no es lo que desea, actualice su publicación y agregue qué idioma/marco está utilizando
