¿Hay alguna manera de vaciar todo en un clúster para que todas las claves del maestro y los esclavos se eliminen de la base de datos?

Sí. Puede usar el --cluster de cli cambia con la call comando:ejecutará el comando provisto en cada uno de los nodos maestros del clúster (y se replicará, como FLUSHALL es un comando de escritura, a sus respectivos esclavos).

Esto debería hacerlo:

$ redis-cli --cluster call <one-of-the-nodes-address>:<its-port> FLUSHALL