El código que probó es, de hecho, dos declaraciones. Un DELETE seguido de SELECT .
No defines TOP según lo ordenado por qué.
Para un criterio de pedido específico, eliminar de un CTE o una expresión de tabla similar es la forma más eficiente.
;WITH CTE AS
(
SELECT TOP 1000 *
FROM [mytab]
ORDER BY a1
)
DELETE FROM CTE
