He tenido el mismo problema que tuviste hace un año. Eche un vistazo a las respuestas aquí, hay algunas sugerencias geniales de personas allí:CodeIgniter Conexión MSSQL
Además, se publicó un hilo hace unos días aquí:CI conectarse al SERVIDOR SQL - mira mi respuesta allí también, ya que resolvió el problema para ese desarrollador en particular.
