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¿Debo indexar la (s) columna (s) de clave principal en Oracle?

Oracle creará un índice para usted o puede usar uno existente. Depende de usted si se utiliza un índice único o no único.

http://docs.oracle.com/cd/B28359_01/server.111/b28310/indexes003.htm#i1006566

Una clave primaria en sí misma no es un índice, y tampoco es una restricción única; ambas son restricciones. Sin embargo, se utiliza un índice para apoyarlos.

Un índice único es bastante diferente, ya que puede existir en ausencia de una restricción de clave principal o única, y ningún tipo de restricción requiere que el índice que lo respalda sea único.